Puedes hacer un modo que se refiera a los tres modelos, eso es de hecho lo que hace un ManyToManyField detrás de las cortinas: crear un modelo en el medio.

class UserProjectDiscipline(models.Model):
    user_account = models.ForeignKey(
        settings.AUTH_USER_MODEL,
        on_delete=models.CASCADE
    )
    project = models.ForeignKey(
        Project,
        on_delete=models.CASCADE
    )
    discipline = models.ForeignKey(
        Discipline,
        on_delete=models.CASCADE
    )

Ahora puede acceder a los UserProjectDiscipline de un UserAccount, Project y/o Discipline con myuser.userprojectdiscipline_set.all(), myproject.userprojectdiscipline_set.all() y mydiscipline.userprojectdiscipline_set.all().

Además, puede definir ManyToManyFields que abarquen esta tabla, de modo que sea fácil obtener los Projects relacionados de un Discipline, etc. con:

class Project(models.Model):
    project_name = models.CharField(max_length=50)
    users = models.ManyToManyField(
        'Users.UserAccount',
        through='UserProjectDiscipline',
        related_name='projects',
        blank=True
    )
    disciplines = models.ManyToManyField(
        'Discipline',
        through='UserProjectDiscipline',
        related_name='projects',
        blank=True
    )
    # …

class UserAccount(AbstractBaseUser, PermissionsMixin):
    username = models.CharField(max_length=30, unique=True)
    disciplines = models.ManyToManyField(
        'Discipline',
        through='UserProjectDiscipline',
        related_name='users',
        blank=True
    ) 
    # …

Estos luego harán JOINs en la tabla del UserProjectDiscipline para recuperar usuarios de manera eficiente para un proyecto dado, etc. Si necesita objetos para el UserProjectDiscipline, aún puede usar para ejemplo myproject.userprojectdiscipline_set.all().

Si desea dar a un usuario myuser tres disciplinas para un proyecto determinado myproject, agréguelas con:

UserProjectDiscipline.objects.bulk_create([
    UserProjectDiscipline(user_account=myuser, project=my_project, discipline=mydiscipline1),
    UserProjectDiscipline(user_account=myuser, project=my_project, discipline=mydiscipline2),
    UserProjectDiscipline(user_account=myuser, project=my_project, discipline=mydiscipline3)
])